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응용생물학과는 식량작물의 수량 감소의 주요 원인인 식물병원균과 해충의 새로운 방제방법을 개발하기 위하여 2개의 분야로 나누어져 연구하는 곳이다. 첫째로, 식물과 병원균(바이러스, 세균, 곰팡이)의 상호작용에 의해 발생하는 식물병에 있어서 식물과 병원균간 상호관계의 기초 지식을 습득케하고 식물병의 방제에 필요한 기술을 연구 및 교육하여 미래과학 농업을 선도할 인력 양성을 목표로 한다. 둘째로, 농해충의 분류, 동정을 비롯한 생리.생태학적 연구에 기초한 해충방제계획을 수립한다. 미소해충의 분류 및 생태학적 연구는 분자계통학등의 방법을 활용하고 있다. 미생물 천적과 농해충과의 상호작용을 연구함으로써 농업 해충방제를 위한 기초연구를 수행한다. 농해충과 문화곤충(나비)의 인공사육방법도 연구하고 있다.